Как я понимаю - проскакивающие у Акунина намёки, отсылки и аллюзии на "нечто японское" - это просто последствия его многолетней увлеченности Японией (он же профессиональный переводчик с японского).
А в остальном, учитывая его происхождение, от него ,как от советского и постсоветского интеллигента вряд-ли можно было бы ожидать погружения, например, в исконность и православие.
Восточные духоискательства тоже его наверно не сильно беспокоят. По крайней мере по его произведениям этого не заметно. Разве что для декорации кое-то вставлено (как и слуга- японец).

Вобщем, он скорее именно интеллигент, чем интеллекутал (это 2 разных понятия. интеллигентов нет нигде в мире - они есть только в России).